Son derece önemli bir görev almış olan Kara Maske (Andy On) kötülerin en büyük kâbusudur. Patladığı andan itibaren bütün insanların DNA'larında değişiklikker olmasına sebep olacak "DNA Bombası" olarak bilinen bir bomba bir takım bilim insanı tarafından tasarlanmıştır. Kara Maske 2de bu bombanın patlaması ilginç görüntülerdeki insanların meydana gelmesine ve bir neslin ilginç birer yaratık olarak devam etmesine sebep olacaktır. İnsan neslinin sonunu getirecek olan bu büyük tehlikeye engel olmak için ise bir kahraman öne atılır.